基于傅里叶技术快速预测DNA序列编码区

利用功率谱分析探测DNA序列编码区的主要特征信号三周期性，需要计算1/3频率点的傅里叶频谱。针对该问题，提出了只计算1/3频率点处的傅里叶频谱快速预测DNA序列编码区的方法。理论分析和实验证明，该方法的计算速度比使用傅里叶变换或快速傅里叶变换的方法快，计算准确性保持不变，不需要一个训练组或现有数据库的信息。关  键  词  傅里叶变换;  功率谱分析;  基因组序列;  编码区Abstract  The  major  signal  in  protein  coding  regions  of  genomic  sequence  is  three-base  periodicity.  We  use  Fourier  transform  as  a  spectral  analysis  tool  for  genes  detection,  all  that  is  required  is  a  spot  Fourier  coefficient  at  M/3,  and  the  complete  Fourier  spectrum  is  not  required.  An  algorithm  for  computing  spot  Fourier  coefficients  is  presented.  Thereby,  a  method  is  developed  to  recognize  the  protein  coding  region  of  genomic  sequence  quickly.  An  important  feature  of  the  method  is  that  its  computational  speed  is  very  fast.  Furthermore,  this  method  is  independent  of  training  sets  or  existing  datebase  information  and  thus  can  find  general  applications.Key  words  Fourier  transformation;  power  spectrum  analysis;  genomic  sequence;  protein  coding  region